เมื่อวันที่ 6 ธันวาคม 2542 ที่ผ่านมา ได้เกิดปัญหากับสถานีสังเกตการณ์รังสีแกมมาคอมป์ตัน (Compton Gamma Ray Observatory) ขึ้นโดยไจโรหมายเลข 3 ซึ่งเป็นหนึ่งในไจโรทั้งสามตัวของดาวเทียมดวงนี้ได้เสียไป จริง ๆ แล้วการเสียหายของไจโรหนึ่งตัวไม่เป็นอุปสรรคในการปฏิบัติภารกิจของคอมป์ตันแต่อย่างใด เพราะไจโรอีกสองตัวยังเพียงพอสำหรับปฏิบัติงานของยานต่อไปได้ แต่ความเสี่ยงจะมากขึ้น เพราะหากไจโรตัวที่สองเกิดเสียตามไป นอกจากจะทำให้ไม่สามารถปฏิบัติงานต่อไปได้แล้ว อาจทำให้ยานสูญเสียการควบคุมระดับความสูง และในที่สุดก็จะตกลงสู่พื้นโลกโดยไม่สามารถควบคุมตำแหน่งเป้าหมายได้ ซึ่งจะเป็นอันตรายมากหากยานตกลงในเขตชุมชน 

ด้วยเหตุนี้ เจ้าหน้าที่ของนาซาต้องตัดสินใจอย่างใดอย่างหนึ่งภายในเดือนมีนาคมนี้ หากนาซาตัดสินใจให้ปลดระวางคอมป์ตันในช่วงกลางเดือนกุมภาพันธ์ ยานจะถูกควบคุมให้ตกลงสู่โลกตรงทางตะวันตกเฉียงใต้ของฮาวายในช่วงกลางเดือนมีนาคม 

ในขณะเดียวกัน วิศวกรยังคงพิจารณาทางเลือกอื่น ๆ เช่น ให้ยานทำงานต่อไปโดยให้เครื่องมือสำรวจตัวอื่น เช่นเครื่องตรวจดวงอาทิตย์และแมกนิโตมิเตอร์มาช่วยในการควบคุมระดับความสูงของยานแทนไจโรตัวที่เสียไป หรืออาจให้ส่งมนุษย์อวกาศไปกับยานขนส่งอวกาศเพื่อซ่อมแซมส่วนที่เสียหายแบบเดียวกับที่ทำกับกล้องฮับเบิล

ในเดือนกันยายนก่อนหน้าที่ไจโรจะเสียได้มีรายงานบอกเหตุมาแล้วว่า มีสัญญาณรบกวนมาจากไจโรตัวนั้น หากคอมป์ตันจะต้องจบสิ้นภารกิจลงในครั้งนี้จริง ก็จะถือว่าเป็นเรื่องน่าเสียดายอย่างยิ่ง เพราะยานคอมป์ตันได้รับการออกแบบมาให้ปฏิบัติหน้าที่นานกว่านี้ถึง 10 ปี 

สถานีสังเกตการณ์รังสีแกมมาคอมป์ตันนับเป็นหนึ่งในสี่ของสถานีสังเกตการณ์ลอยฟ้าที่เยี่ยมยอดที่สุดของนาซา ซึ่งประกอบไปด้วย คอมป์ตัน ฮับเบิล จันทรา และ SITF (Space Infrared Telescope Facility) ซึ่งยังไม่ได้ปล่อยสู่อวกาศ 

นอกจากความสูญเสียจะเกิดขึ้นกับนาซาแล้ว ยังส่งผลเสียอย่างมากต่อการศึกษาดาราศาสตร์รังสีแกมมา เนื่องจากการสังเกตการณ์รังสีแกมมาจำเป็นต้องทำโดยยานอวกาศเท่านั้น จะทำบนพื้นโลกไม่ได้เพราะบรรยากาศโลกจะกันรังสีแกมมาเอาไว้ และยานอวกาศที่ทำหน้าที่สำรวจรังสีแกมมาก็มีเพียงไม่กี่ลำ ที่สำคัญที่สุดก็คือไม่มีลำไหนเลยที่ทำงานในช่วงความถี่เดียวกับคอมป์ตัน