เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม ตัวควบคุมการบินของยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์ได้ออกคำสั่งให้ยานเปลี่ยนวงโคจรรอบดวงจันทร์ให้มาโคจรในระดับต่ำ เพื่อที่จะเริ่มสำรวจพื้นผิวของดวงจันทร์อย่างละเอียดยิ่งขึ้นไปอีก
ก่อนหน้านี้ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์โคจรอยู่ที่ระดับ100 กิโลเมตรจากพื้นผิว หลังจากปรับเปลี่ยนวงโคจรโดยการขับตัวขับดันของยานแล้ว ระดับวงโคจรจะเปลี่ยนมาเป็น 40 กิโลเมตรจากพื้นผิว
ระดับวงโคจรใหม่นี้จะไม่ใช่ระดับโคจรถาวรในเดือนมกราคมจะมีการปรับวงโคจรให้ต่ำยิ่งขึ้นไปอีก โดยจะโคจรที่ระดับความสูงเพียง 25-30 กิโลเมตรเท่านั้น ซึ่งเป็นระดับความสูงสุดท้ายก่อนที่จะจบสิ้นภารกิจหลักของยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์ แต่หน้าที่ของยานลำนี้ยังไม่หมดเท่านั้น เพราะได้มีการต่ออายุให้ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์ทำงานต่อไปอีกเป็นภาคพิเศษ ในภาคนี้ จะเป็นการสำรวจในรายละเอียดของบริเวณต่าง ๆ บนดวงจันทร์ซึ่งรวมถึงการศึกษาน้ำแข็งที่ขั้วของดวงจันทร์ให้ละเอียดยิ่งขึ้น และยังสำรวจองค์ประกอบทางเคมีต่าง ๆ ด้วยภาพความละเอียดสูงอีกด้วย ช่วงเวลาของภารกิจภาคพิเศษนี้อาจยาวนานไปจนึงกลางปี 2542 ก็ได้
ในภารกิจภาคพิเศษนี้ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์ยังมีการสำรวจสนามแม่เหล็กของดวงจันทร์ รวมถึงบางพื้นที่บนผิวดวงจันทร์ที่มีความเข้มข้นของสนามแม่เหล็กรุนแรงผิดปกติ นอกจากนี้ยังจะสำรวจองค์ประกอบทางเคมีของดวงจันทร์ที่ความละเอียดสูงด้วย
"ข้อมูลที่ได้จากยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์จนึงตอนนี้ถือว่าเกินกว่าเป้าหมายที่ได้คาดไว้แล้ว" ซิลเวีย คอกซ์ ผู้จัดการภารกิจของลูนาร์พรอสเปกเตอร์กล่าว
ภารกิจภาคพิเศษนี้จะสิ้นสุดลงเมื่อเชื้อเพลิงบนยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์หมดลงและถูกแรงโน้มถ่วงของดวงจันทร์ดูดให้ตกลงสู่พื้นดิน
ก่อนหน้านี้ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์โคจรอยู่ที่ระดับ
ระดับวงโคจรใหม่นี้จะไม่ใช่ระดับโคจรถาวร
ในภารกิจภาคพิเศษนี้
"ข้อมูลที่ได้จากยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์จนึงตอนนี้
ภารกิจภาคพิเศษนี้จะสิ้นสุดลงเมื่อเชื้อเพลิงบนยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์หมดลงและถูกแรงโน้มถ่วงของดวงจันทร์ดูดให้ตกลงสู่พื้นดิน