นักวิทยาศาสตร์และวิศวกรของนาซาได้เลือกทำเลลงจอดของยานมาร์สโพลาร์แลนเดอร์ได้แล้ว ยานจะลงจอดบนผิวดาวอังคารในวันที่ 3 ธันวาคม 

การคัดเลือกพื้นที่ลงจอดนี้ นักวิทยาศาสตร์จะต้องพิจารณาอย่างพิถีพิถัน โดยใช้ภาพพื้นผิวดาวอังคารที่ถ่ายโดยยานมาร์สโกลบัลเซอร์เวเยอร์ และมีหลักเกณฑ์ว่า สถานที่นั้นจะต้องมีภูมิประเทศน่าสนใจและน่าสำรวจ และในขณะเดียวกันก็จะต้องไม่มีหน้าผาหรือยอดเนินสูงชันอันจะเป็นอุปสรรคในการนำยานลงจอด คือต้องมีหินไม่เกิน 15 เปอร์เซ็นต์ของพื้นผิว ความลาดเอียงของพื้นผิวต้องไม่เกิน 10 องศา และระดับความสูงไม่เกิน 6,000 เมตร 

ในที่สุด นักวิทยาศาสตร์ก็ได้ทำเลสำหรับลงจอด พื้นที่ ๆ ถูกเลือกนี้เป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้างประมาณ 20 กิโลเมตร ยาวประมาณ 200 กิโลเมตร อยู่ที่ละติจูด 76 องศาใต้ ลองกิจูด 195 องศาตะวันตก เป้าหมายของยานคือกึ่งกลางของพื้นที่นี้ พื้นที่นี้อยู่ใกล้กับขั้วใต้ของดาวอังคาร ห่างจากพื้นที่ที่เป็นขั้วน้ำแข็งถาวรประมาณ 800 กิโลเมตร เป็นบริเวณที่มีชั้นดินซ้อนกันเป็นชั้น ๆ ที่เกิดจากการทับถมของฝุ่นและน้ำแข็งบนดาวอังคารมานานหลายล้านปี ซึ่งนักดาราศาสตร์เชื่อว่าน่าจะมีร่องรอยของการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศของดาวอังคารในอดีต โดยยานมาร์สโพลาร์แลนเดอร์จะมีแขนกลสำหรับเจาะพื้นดินเพื่อศึกษาชั้นดินเหล่านี้โดยเฉพาะ นอกจากแขนสำหรับขุดดินแล้ว ยานแลนเดอร์ยังมีอุปกรณ์หัวเจาะ ดีปสเปซ 2 (Deep Space Two) อีกสองอัน ซึ่งจะถูกปล่อยออกจากยาน 5 นาทีก่อนที่ยานจะเข้าสู่ชั้นบรรยากาศของดาวอังคาร หัวเจาะนี้จะเจาะลงไปบนผิวดินของดาวอังคารเพื่อตรวจหาน้ำในบริเวณใกล้เคียง 

ช่วงที่ยานลงจอดนั้นเป็นช่วงใกล้สิ้นฤดูใบไม้ผลิของดาวอังคารซีกใต้พอดี หมายความว่า เวลาต่อจากนั้นพื้นที่นี้ก็จะได้รับแสงอาทิตย์ตลอดวัน ซึ่งเป็นผลดีต่อยาน เพราะยานจะใช้พลังงานจากแสงอาทิตย์ได้อย่างต่อเนื่องตลอดระยะเวลา 90 วันของการปฏิบัติภารกิจ 

ยานมาร์สโพลาร์แลนเดอร์ได้ทะยานสู่อวกาศไปเมื่อวันที่ 3 มกราคม 2542 มีวัตถุประสงค์หลักของยานคือการสำรวจชั้นดินบริเวณขั้วใต้ของดาวอังคารโดยเฉพาะ 



บริเวณที่ยานมาร์สโพลาร์แลนเดอร์จะลงไปสำรวจดาวอังคาร