ตามกำหนดการที่จะทำการยิงจรวดเร่งเครื่องยานเนียร์เป็นเวลานานถึง ๒๐ นาทีในวันที่ ๒๐ ธันวาคม ที่ผ่านมานั้น ได้ปรากฏว่า หลังจากการจุดจรวดและเชื้อเพลิงได้เผาไหม้ไปเพียงครู่เดียว คอมพิวเตอร์บนยานก็ดับเครื่องลงเอง และขาดการติดต่อกับภาคพื้นดินไป 

การเผาไหม้เชื้อเพลิงครั้งนี้ มีเวลายาวนานที่สุดในการเข้าเครื่องเข้าหาดาวเคราะห์น้อยอีรอส และนี่มิใช่ครั้งแรกที่มีการยิงจรวดเช่นนี้ ในอดีต นาซาเคยเสียยานมาร์สออบเซอร์เวอร์หลังจากการยิงจรวดครั้งแรกในลักษณะนี้ ในกรณีของมาร์สออบเซอร์เวอร์นั้น สันนิษฐานว่า ท่อเชื้อเพลิงอาจจะรั่วจากการถูกเขย่าด้วยแรงสั่นสะเทือนมหาศาลตอนถูกส่งขึ้นอวกาศ ในภายหลังเมื่อติดเครื่องขึ้นมา เชื้อเพลิงจรวดที่มีความไวไฟเป็นอย่างยิ่งก็คงจะเกิดระเบิดขึ้น สร้างความเสียหายให้ไม่มากก็น้อย 

ต่อมาเมื่อเวลา ๒๐ นาฬิกา คืนวันที่ ๒๑ ธันวาคม ตามเวลาภาคตะวันออกของสหรัฐ เครือข่ายดีปสเปซ (Deep Space Network) ของนาซาสามารถหาตำแหน่งของยานเนียร์ ได้สำเร็จ สร้างความโล่งใจให้ทางภาคพื้นดินเป็นอันมากว่ายานยังคงอยู่ดี มิได้เกิดภยันตรายใด ๆ จากการจุดจรวดเมื่อวันที่ ๒๐ ที่ผ่านมา หลังจากนั้น ฝ่ายควบคุมได้ถ่ายข้อมูลบางส่วนจากยานเนียร์ตลอดคืนที่ผ่านมา และพยายามปะติดปะต่อข้อมูลดูว่าเกิดอะไรขึ้น เพื่อจะได้ส่งสัญญาณแก้ไขขึ้นไปภายหลัง ขณะนี้เข้าใจว่า ตัวยานได้ปรับเครื่องเข้าสู่สภาวะปลอดภัย (safe mode) คล้ายกับอยู่ในสภาพจำศีล ซึ่งมักจะเป็นลักษณะการทำงานทั่วไปของยานอวกาศ ที่จะปิดตัวเองโดยอัตโนมัติหากคอมพิวเตอร์บนยานจับความได้ว่าตัวกำลังจะมีอันตราย 

จากการดับเครื่องลงเองของยานเนียร์เมื่อวันที่ ๒๐ ธันวาคมที่ผ่านมาและขาดการติดต่อกับโลกเป็นเวลาถึง ๒๗ ชั่วโมง ทำให้ยานเนียร์พลาดโอกาสที่จะเข้าบรรจบวงโคจรกับดาวเคราะห์น้อยอีรอสในวันที่ ๑๐ มกราคมที่จะถึงนี้ 

อย่างไรก็ดี อีรอส และยานเนียร์จะมีโอกาสเฉียดกันในระยะใกล้ที่สุดเพียงประมาณสี่พันกิโลเมตร ในวันที่ ๒๓ ธันวาคม เวลา ๑๓.๔๓ น. ตามเวลาภาคตะวันออกในสหรัฐ และยานก็จะมีโอกาสได้ถ่ายรูป อีรอส มาเป็นข้อมูลเพิ่มเติมได้ 

จากการวิเคราะห์และประเมินสถานการณ์เบื้องต้น ทำให้ทางโครงการมีความหวังได้ว่า จะสามารถนำยานเนียร์กลับมาหาอีรอสได้อีกในเดือนพฤษภาคม ๒๕๔๓ เนื่องจากยังมีเชื้อเพลิงเหลืออยู่ และเครื่องยนต์ก็ดูเหมือนไม่ได้ประสบความเสียหายแต่ประการใด 

"มันเป็นโชคที่ไม่ดีเลยที่ยานดับเครื่องลงหลังจากเริ่มติดเครื่อง แต่เราก็ยังบรรลุเป้าหมายเบื้องต้นได้ หากแต่จะช้าไปสักหน่อยเท่านั้น" โรเบิร์ต ฟาควาห์ ผู้จัดการโครงการเนียร์ของ Applied Physics Lab แห่งมหาวิทยาลัยจอห์น ฮอปกินส์ กล่าว 

การบินผ่าน (flyby) ครั้งนี้จะช่วยนำข้อมูลที่สำคัญมาช่วยการบรรจบวงโคจรในอนาคตได้มาก เช่น ข้อมูลเกี่ยวกับรูปร่าง ขนาด หรือบริวารที่อาจจะมีก็ได้ อันจะช่วยการคำนวณวงโคจรของอีรอสและเส้นทางบินของเนียร์ได้อย่างมาก เพราะทางฝ่ายควบคุมวางแผนให้เนียร์ถ่ายภาพอีรอสมากกว่า ๕๐๐ ภาพ 

ตามรายงานเบื้องต้นจากมหาวิทยาลัยจอห์น ฮอปกินส์ เมื่อยานเนียร์ทำการจุดจรวด ก็สร้างความสั่นสะเทือนบนยาน สูงเกินกว่าขีดกำหนดค่าสะเทือนตามโปรแกรมที่ตั้งไว้จะยอมรับได้ คอมพิวเตอร์จึงตัดเชื้อเพลิงและปิดเครื่องเผาจรวด หลังจากจรวดดับลงได้ ๔๐ วินาที ยานก็เริ่มเสียการทรงตัว เครื่องควบคุมอัตโนมัติได้พยายามกู้สถานการณ์ ด้วยการติดเครื่องจุดจรวดแก้อีกเพื่อปรับการทรงตัว ยานเนียร์ได้ใช้เวลาแก้ไขการทรงตัวทั้งหมด ๔ นาที เผาเชื้อเพลิงจรวดไปถึง ๓๐ กิโลกรัม การหมุนแกว่งตัวเช่นนั้นทำให้กระแสไฟฟ้าตก จนเครื่องคอมพิวเตอร์ปิดตัวเองไปตามโปรแกรมที่กำหนดไว้เช่นนั้น 

สิ่งที่น่าวิตกก็คือ กว่าที่ยานเนียร์จะกลับมาหาอีรอสอีกครั้งในเวลาอีกเกือบปีครึ่งข้างหน้า ยานจะยังคงสภาพดีอยู่หรือไม่ เพราะเมื่อเวลาเนิ่นนานออกไป ยานเดินทางออกไปไกล ๆ จะเกิดอะไรขึ้นก็ไม่อาจคาดได้ เมื่อมาถึงจุดนี้แล้ว ทุกอย่างขึ้นอยู่กับกลไกของการโคจร (Orbital Mechanics) ที่จะเป็นตัวกำหนดว่าจะไปไหนและไปได้เมื่อไร แต่ก็ยังไม่โชคร้ายถึงกับต้องสูญเสียยานไป และทางฝ่ายควบคุมภาคพื้นดินคงจะพยายามหาวิธีแก้ไขปัญหาเฉพาะหน้าได้บ้าง 

โครงการสำรวจดาวเคราะห์น้อยอีรอสนี้ เป็นโครงการแรกในอเมริกาที่บริหารงานและควบคุมโดยองค์การเอกชน องค์การนาซามิได้บริหารเองโดยตรง หากให้ทุนและให้ความช่วยเหลือในด้านคำนวณทิศทางการเดินทาง (navigation) ให้