นักวิทยาศาสตร์พบว่า บริเวณขั้วใต้ของดาวเนปจูนมีอุณหภูมิสูงกว่าบริเวณอื่นทั้งหมดประมาณ 10 องศาเซลเซียส คาดว่าเป็นผลจากฤดูกาลของดาวเนปจูนเอง ขณะนี้ยังเป็นฤดูร้อนของซีกใต้ของดาวเนปจูนอยู่ ซึ่งดาวได้เอียงขั้วใต้มาทางดวงอาทิตย์เป็นเวลานานถึง 40 ปีแล้ว พลังงานที่สะสมเป็นเวลานานเป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดความแตกต่างของอุณหภูมิมากเช่นนี้ และน่าจะเป็นสาเหตุของการที่ดาวเนปจูนมีลมพัดเร็วถึง 2,000 กิโลเมตรต่อชั่วโมงซึ่งเร็วที่สุดในบรรดาดาวเคราะห์ทั้งหมดด้วย