เมื่อวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2542 ในที่ประชุมวิทยาศาสตร์ดวงจันทร์และดาวเคราะห์ในฮูสตัน นักวิทยาศาสตร์ประจำโครงการลูนาร์พรอสเปกเตอร์ได้กล่าวว่า เครื่องวัดความโน้มถ่วงของยานได้ตรวจพบว่าดวงจันทร์มีแกนกลางที่เป็นเหล็กขนาดเล็ก มีรัศมีเพียงประมาณ 225 ถึง 450 กิโลเมตรเท่านั้น และข้อมูลจากเครื่องแมกนิโตมิเตอร์ของยานก็แสดงถึงขนาดของแกนกลางดวงจันทร์ที่มีรัศมีอยู่ในช่วง 290 ถึง 420 กิโลเมตร 

เมื่อเทียบอัตราส่วนระหว่างมวลของแกนกลางกับตัวดาวทั้งดวงแล้ว แกนกลางของดวงจันทร์มีมวลประมาณ 2-4 เปอร์เซ็นต์ของดวงจันทร์เท่านั้น เปรียบเทียบกับโลกของเราแล้ว แกนโลกมีมวลถึงประมาณ 30 เปอร์เซ็นต์ของโลกทั้งใบ 

ขนาดของแกนกลางที่ค่อนข้างเล็กของดวงจันทร์นี้ เป็นหลักฐานหนึ่งที่แสดงว่า ดวงจันทร์เกิดขึ้นโดยมีวัตถุจำพวกที่กำลังจะก่อตัวเป็นดาวเคราะห์ หรือที่เรียกว่าโปรโตพลาเนต พุ่งเข้ามาชนโลกในช่วงท้าย ๆ ของยุคการสร้างระบบสุริยะ การชนกันนั้นอาจทำให้เนื้อของโลกส่วนนอกหลุดออกไปจำนวนหนึ่ง ซึ่งเนื้อโลกที่หลุดออกไปนี้ได้รวมตัวกันเป็นดวงจันทร์ในเวลาต่อมา 

"การชนนี้เกิดขึ้นหลังจากที่โลกได้มีแกนเหล็กเกิดขึ้นแล้ว ทำให้สสารที่ถูกชนจนหลุดออกไปจากโลกจะเป็นสสารที่เบากว่า ซึ่งได้แก่หินและแร่ที่มีเหล็กเป็นส่วนน้อย" อลัน ไบน์เดอร์ หัวหน้าฝ่ายสืบสวนของโครงการลูนาร์พรอสเปกเตอร์กล่าว "เมื่อสสารเหล่านี้รวมตัวกันเป็นดวงจันทร์ แร่เหล็กจำนวนน้อยนั้นได้รวมตัวกันเป็นแกนเหล็กของดวงจันทร์ดังที่ตรวจพบในครั้งนี้" 

ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์จะยังคงสำรวจดวงจันทร์ในระดับวงโคจรต่ำต่อไปจนถึงกลางปี 2542 จึงจะเสร็จสิ้นภารกิจ