หลังจากที่ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์ได้พุ่งชนดวงจันทร์ที่หลุมใกล้ขั้วใต้ของดวงจันทร์เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคมที่ผ่านมา ซึ่งเป็นไปตามเจตนาของผู้ควบคุมยานที่ต้องการให้กล้องโทรทรรศน์บนโลกตรวจจับสเปกตรัมของน้ำในเศษดินที่กระเด็นออกมาจากแรงพุ่งชน แต่จากการวิเคราะห์ข้อมูลการสำรวจของกล้องโทรทรรศน์ขนาดใหญ่ทั่วโลกรวมทั้งกล้องโทรทรรศน์อวกาศฮับเบิลกลับไม่พบว่ามีน้ำแต่อย่างใด 

ก่อนหน้านี้ในเดือนมีนาคม 2542 สเปกโทรมิเตอร์รังสีแกมมาของยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์ได้ตรวจพบไฮโดรเจนที่บริเวณก้นหลุมอันมืดมิดที่บริเวณขั้วทั้งสองของดวงจันทร์ นักดาราศาสตร์ได้สันนิษฐานว่า ไฮโดรเจนที่พบนั้นน่าจะอยู่ในรูปของโมเลกุลน้ำที่เชื่อว่าอาจมาจากดาวหางจำนวนมากที่เคยชนดวงจันทร์ในอดีต 

การที่ไม่พบร่องรอยของน้ำในครั้งนี้ทำให้นักดาราศาสตร์ต้องพยายามหาคำอธิบายผลลัพธ์ในครั้งนี้ ซึ่งในขณะนี้ยังมีอยู่สมมุติฐานอยู่ด้วยกัน และแต่ละสมมุติฐานก็มีความเป็นไปได้ทั้งสิ้น อาทิเช่น 

● ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์พุ่งชนไม่ตรงเป้าหมายที่วางไว้ 
● ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์ไปพุ่งชนถูกพื้นที่หรือก้อนหินที่แห้ง 
● โมเลกุลของน้ำอาจฝังแน่นอยู่ในหินแร่ และการพุ่งชนของยานไม่แรงพอที่จะแยกโมเลกุลน้ำออกมากจากหินได้ 
● ไม่มีน้ำบนดวงจันทร์จริง ๆ ไฮโดรเจนที่ตรวจพบก่อนหน้านี้เป็นก๊าซไฮโดรเจนบริสุทธิ์ 
● การวิเคราะห์ข้อมูลจากการพุ่งชนยังไม่ลึกเพียงพอ 
● ตัวแปรต่าง ๆ ที่ใช้ในการสร้างแบบจำลองของการพุ่งชนไม่ถูกต้อง 
● กล้องโทรทรรศน์ที่ใช้สำรวจซึ่งมีมุมรับภาพที่แคบมากได้เล็งเป้าหมายไม่ถูกต้อง 
● น้ำและเศษดินที่กระเด็นขึ้นมาจากแรงพุ่งชน ปลิวขึ้นมาไม่สูงพอที่จะพ้นปากหลุม จึงมองไม่เห็นจากโลก 

ยานลูนาร์พรอสเปกเตอร์ได้ทะยานออกจากโลกไปเมื่อวันที่ 6 มกราคม 2541 และปฏิบัติหน้าทีในการสำรวจดวงจันทร์เป็นเวลานานกว่า 1 ปี ภารกิจและการค้นพบที่สำคัญของยานนี้มีหลายอย่างเช่น การทำแผนที่องค์ประกอบทางเคมีของพื้นผิวดวงจันทร์ทั้งดวง และการค้นพบสนามแม่เหล็กเข้มข้นกับบรรยากาศชั้นแมกนีโตสเฟียร์เฉพาะที่บนดวงจันทร์ เป็นต้น