เมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน ผู้ควบคุมการบินของ Jet Propulsion Laboratory ได้ออกประกาศว่ายานมาร์สพาทไฟน์เดอร์ได้หยุดการทำงานแล้ว หลังจากที่นักวิทยาศาสตร์ได้พยายามที่จะติดต่อกับยานหลายครั้งในรอบเดือนที่ผ่านมา แต่ประสบความล้มเหลวไม่ว่าจะเป็นการติดต่อผ่านเครื่องมือสื่อสารหลักหรือเครื่องมือสื่อสารรองของยานก็ตาม 

จนถึงขณะนี้ทางผู้ควบคุมยานก็ยังไม่ละความพยายามที่จะติดต่อกับยาน แม้ว่าโอกาสที่จะรับการติดต่อจากยานนั้นริบหรี่ลงทุกวัน ๆ 

นับจนถึงวันที่ได้รับสัญญาณจากยานเป็นครั้งสุดท้าย สถานีที่นำยานลงจอดดาวอังคารได้ทำงานมานานกว่าอายุงานที่กำหนดเอาไว้ 30 วันเกือบ 3 เท่า ส่วนยานโซเจอร์เนอร์ซึ่งมีอายุงานที่กำหนดเอาไว้เพียง 7 วันกลับทำงานได้นานกว่าถึง 12 เท่า 

นับตั้งแต่วันที่ 4 กรกฎาคมซึ่งเป็นวันที่ลงจอดบนดาวอังคาร ยานมาร์สพาทไฟน์เดอร์ได้ส่งข้อมูลกลับมายังโลก 2.6 พันล้านบิต รวมถึงภาพจากยานลงจอดกว่า 16,000 ภาพ และภาพจากยานโซเจอร์เนอร์ 550 ภาพ การวิเคราะห์ทางเคมีกับก้อนหินกว่า 15 ครั้ง และข้อมูลสภาพลมฟ้าอากาศบนดาวอังคาร เป้าหมายที่ยังเหลือคั่งค้างอยู่มีเพียงภาพความละเอียดสูงมุมกว้าง 360 องศาของบริเวณที่ ๆ ยานลงจอด ซึ่งได้รับข้อมูลมาเพียง 83 เปอร์เซ็นต์เท่านั้น ภารกิจที่ยานโซเจอร์เนอร์ได้ทำก่อนที่จะถูกตัดขาดจากการติดต่อคือการสำรวจก้อนหินชื่อ ชิม (Chimp) ด้วยเครื่องมือ alpha proton X-ray spectrometer ข้อมูลชุดสุดท้ายที่ได้รับจากยานมาร์สพาทไฟน์เดอร์ได้รับเมื่อเวลา 17.23 น. วันที่ 27 กันยายนตามเวลาในประเทศไทย นับวันทำงานได้ 83 วัน 

ยานมาร์สพาทไฟน์เดอร์เริ่มมีปัญหาในการติดต่อสื่อสารกับโลกในวันที่ 27 กันยายน หลังจากความพยายามในการติดต่อกับยานเป็นเวลา 3 วัน ทางสถานีภาคพื้นดินบนโลกก็สามารถจับสัญญาณพา (carrier signal) จากเครื่องรับส่งสัญญาณเสริมของยานในวันที่ 1 ตุลาคม ซึ่งหมายความว่ายานยังคงอยู่ในสภาพปกติอยู่ หลังจากนั้นในวันที่ 6 ตุลาคม ทางภาคพื้นดินก็สามารถจับสัญญาณพาสัญญาณเดิมได้อีก แต่ไม่สามารถดึงข้อมูลใด ๆ ออกจากสัญญาณนั้นเพื่อที่จะรับรู้สภาพของยานได้ ปัญหาเกี่ยวกับสัญญาณเหล่านี้เป็นสิ่งบอกเหตุว่าแบตเตอรีบนยานใกล้จะหมดลงแล้ว ทำให้ระบบรักษาอุณหภูมิในยานไม่ทำงานและระบบต่าง ๆ เริ่มรวน 

โครงการมาร์สพาทไฟน์เดอร์นี้ได้นำเทคนิคและเทคโนโลยีใหม่มาใช้อย่างมากมาย นับเป็นโครงการต้นแบบของโครงการตระกูล "...พาทไฟน์เดอร์" ซึ่งใช้ปรัชญาการออกแบบที่ว่า "ถูกกว่า ดีกว่า" เทคนิคในการลงจอดของยานมาร์สพาทไฟน์เดอร์นี้ก็เป็นเทคนิคใหม่ที่ไม่เคยมียานลำไหนใช้มาก่อน คือใช้วิธีดิ่งพสุธาลงบนพื้นดาวโดยตรงโดยไม่มีการโคจรรอบดาวก่อน ไม่มีการใช้จรวดขับดันเพื่อชลอความเร็วแต่อย่างใด มีเพียงร่มขนาดกว้าง 11 เมตรเท่านั้นที่ช่วยลดความเร็ว แต่ถึงกระนั้นความเร็วของยานที่พุ่งเข้าชนผิวดาวก็ยังเร็วถึงเกือบหนึ่งร้อยกิโลเมตรต่อชั่วโมง แต่ยานก็ยังปลอดภัยด้วยถุงลมรอบตัวยาน ในอนาคตเราจะได้เห็นยานอวกาศที่ทำงานในทำนองเดียวกันนี้ออกมาอีกหลายลำ