ถึงแม้ว่าดาวหางลีเนียร์ 1999 เอส 4 (C/1999 S4) ได้แตกสลายไปแล้ว แต่การแตกสลายนี้ทำให้เกิดการค้นพบครั้งสำคัญในวงการวิทยาศาสตร์ดาวเคราะห์อีกครั้งหนึ่ง 

เมื่อไม่นานมานี้ คณะนักดาราศาสตร์จากนานาประเทศที่นำโดย เทมุ เมคิเน็น ได้ใช้เครื่องมือของดาวเทียมโซโฮศึกษาและตรวจวัดเมฆไฮโดรเจนที่ระเหิดมาจากน้ำแข็งของดางหางลีเนียร์ ทำให้ทราบจำนวนของไฮโดรเจนและน้ำในลีเนียร์ได้ ในนิวเคลียสขนาด 750-1,000 เมตรของลีเนียร์เชื่อว่ามีน้ำประมาณ 3.6 ล้านตัน หรือมากพอ ๆ กับทะเลสาบขนาดเล็กแห่งหนึ่งเลยทีเดียว เป็นไม่น่าแปลกใจที่นักดาราศาสตร์เชื่อว่าน้ำในมหาสมุทรบนโลกมาจากดาวหางในอดีตพุ่งชน 

น้ำในธรรมชาติบนโลก นอกจากจะมี H₂O เป็นหลักแล้ว ยังมีส่วนผสมของเฮฟวีวอเตอร์ (HDO) เล็กน้อย จากการศึกษาดาวหางในอดีตพบว่า น้ำในดาวหางดวงอื่น ๆ ที่เชื่อว่ามีกำเนิดมาจากแถบไคเปอร์และเมฆออร์ตมีอัตราส่วนของเฮฟวีวอเตอร์ต่อน้ำมากกว่าบนโลก ทำให้เกิดข้อสงสัยว่า น้ำบนโลกมาจากดาวหางจริงหรือไม่

แต่นักดาราศาสตร์อีกคณะหนึ่งนำโดย ไมเคิล มัมมา จากศูนย์การบินอวกาศกอดดาร์ดของนาซาที่ศึกษาคุณสมบัติทางเคมีของดาวหางลีเนียร์โดยใช้กล้องโทรทรรศน์เคกและกล้องโทรทรรศน์อินฟราเรดของนาซา พบว่า  น้ำในลีเนียร์นี้มีอัตราส่วนของน้ำต่อเฮฟวีวอเตอร์เท่ากับน้ำบนโลก 

โดยปกติ ดาวหางจะมีสารประกอบคาร์บอนที่สลายตัวได้ง่ายบางชนิดอยู่ เช่น อีเทน (C₂H₆) และอะเซทีลีน (C₂H₂) ซึ่งมีจุดเยือกแข็งต่ำมาก ดาวหางที่มีจุดกำเนิดอยู่ห่างไกลจากดวงอาทิตย์จะเย็นพอที่จะให้โมเลกุลเหล่านี้อยู่ในนิวเคลียสได้ แต่ดาวหางลีเนียร์มีสารประกอบเหล่านี้อยู่น้อยมาก จึงเชื่อว่าน่าจะมีแหล่งกำเนิดใกล้กว่าแถบไคเปอร์ หรืออยู่ประมาณวงโคจรของดาวพฤหัสบดีซึ่งมีอุณหภูมิอุ่นกว่าและมีอัตราส่วนของเฮฟวีวอเตอร์ต่อน้ำใกล้เคียงกับบนโลกอีกด้วย 

มัมมา จึงสรุปว่าดาวหางดวงนี้ไม่ได้มีถิ่นกำเนิดจากแถบไคเปอร์หรือเมฆออร์ต แต่น่าจะถือกำเนิดขึ้นใกล้กับบริเวณวงโคจรของดาวพฤหัสบดี 

นักดาราศาสตร์เชื่อว่าโลกในยุคเริ่มต้นถูกดาวหางจากย่านดาวพฤหัสบดีพุ่งชนมากกว่าถูกดาวหางจากขอบนอกระบบสุริยะชน แต่ต่อมาดาวหางแถบดาวพฤหัสบดีได้ถูกดาวพฤหัสบดีเหวี่ยงออกไปภายนอก หลังจากนั้นอาจมีบางดวงได้มีโอกาสกลับเข้ามาในระบบสุริยะชั้นในอีกครั้ง ซึ่งดาวหางลีเนียร์อาจจะเป็นหนึ่งในจำนวนนั้นก็ได้