ความสว่างที่น้อยกว่าความคาดหมายของดาวหางลิเนียร์ ทำให้มันเป็นดาวหางแห่งความผิดหวังไปอีกดวงหนึ่ง แต่ดาวหางดวงนี้ได้ทำให้วงการดาราศาสตร์ตกตะลึงด้วยการแตกตัวเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อย

การแตกของลิเนียร์เกิดขึ้นในช่วงปลายเดือนกรกฎาคม ความผิดปรกติของมันได้เริ่มขึ้นตั้งแต่ต้นเดือน โดยในวันที่ 5 กล้องโทรทรรศน์อวกาศฮับเบิลได้สังเกตเห็นว่ามันสว่างมากขึ้นถึง 50 เปอร์เซ็นต์ภายในระยะเวลาเพียง 4 ชั่วโมง และหลังจากนั้น 1 วัน ก็พบว่ามีเศษวัตถุมีขนาดเท่าบ้านหลังหนึ่งหลุดออกมากจากส่วนหัวและปลิวออกไปพร้อม ๆ กับหาง

วันที่ 25 กรกฎาคม ส่วนที่แน่นทึบของหัวดาวหางเริ่มยืดยาวออกมา พร้อม ๆ กับลดความสว่างลง โดยส่วนแน่นทึบนี้มีความสว่างสม่ำเสมอ ไม่ปรากฏจุดที่สว่างกว่าที่อื่น ๆ ในคืนต่อมาส่วนหัวก็ยืดยาวออกมามากขึ้นอีก

วันที่ 27 พบว่า ส่วนสว่างของหัวกำลังขยายตัวออกไปด้วยความเร็ว 40 เมตรต่อวินาที ซึ่งแสดงว่าส่วนสว่างนั้นประกอบด้วยฝุ่นอัดแน่น ไม่ใช่ก๊าซ ทำให้สันนิษฐานได้ว่าหัวของดาวหางนี้กำลังแตกออกเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อย นักดาราศาสตร์หลายคน รวมทั้ง มาร์ก คิดเจอร์ จาก สถาบันดาราศาสตร์ ณ เกาะคานารี ของสเปน คาดว่าลิเนียร์อาจจะแตกตัวออกจนหมดไม่เหลือชิ้นส่วนลงเหลือเลย แต่พอถึงวันที่ 29 กรกฎาคม กล้องฮับเบิลได้ถ่ายภาพของดาวหางดวงนี้และพบชิ้นส่วนของดาวหางไม่น้อยกว่า 6 ชิ้น ซึ่งน่าจะเป็นส่วนของนิวเคลียสที่ได้แตกไปก่อนหน้านั้นไม่กี่วัน ชิ้นส่วนแต่ละชิ้นมีขนาดเล็ก อาจมีเส้นผ่านศูนย์กลางเพียงไม่กี่สิบเมตร และมีส่วนประกอบเป็นฝุ่นเกือบทั้งหมด หรือถ้ามีองค์ประกอบเป็นน้ำแข็งก็อาจมีขนาดเล็กกว่านั้นเพียงไม่ถึงสิบเมตรเท่านั้น

นักดาราศาสตร์หลายคน รวมทั้งคิดเจอร์ ซึ่งเป็นผู้ที่พบเห็นการแตกตัวเป็นคนแรก ๆ สันนิษฐานว่า การแตกของดาวหางนี้เกิดจากการที่น้ำและน้ำแข็งในนิวเคลียสได้ระเหิดหมดไป เนื่องจากน้ำแข็งในนิวเคลียสทำหน้าที่เหมือนกาวที่เชื่อมเม็ดฝุ่นต่าง ๆ เข้าไว้ด้วยกัน การสังเกตการณ์อย่างละเอียดในช่วงที่ผ่านมาได้สนับสนุนแนวคิดนี้เป็นอย่างดี อัตราการคายไอน้ำของดาวหางลิเนียร์ได้ลดลงจาก 3.6 ตันต่อวินาทีในวันที่ 6 เหลือเพียง 1 ตันต่อวินาที ทั้ง ๆ อัตรานี้ควรจะเพิ่มขึ้นเพราะในขณะนั้นลิเนียร์กำลังเข้าใกล้ดวงอาทิตย์เรื่อย ๆ และในวันที่ 29 อัตราการคายไอน้ำเหลือเพียง 120 กิโลกรัมต่อวินาทีเท่านั้น

ดาวหางลิเนียร์ ถูกค้นพบในเดือนกันยายนปีที่แล้วโดยหอสังเกตการณ์ลิเนียร์ (LINEAR -- Lincoln Near-Earth Astroid Research) ที่ตั้งอยู่ในนิวเม็กซิโก ได้รับการตั้งชื่อว่า C/1999 S4 นักดาราศาสตร์เชื่อว่าดาวหางดวงนี้เป็นดาวหางใหม่ ที่เพิ่งจะเข้ามาในระบบสุริยะชั้นในเป็นครั้งแรก เนื่องจากลิเนียร์ไม่เคยเข้าใกล้ดวงอาทิตย์มาก่อน จึงน่าจะมีน้ำแข็งอยู่ในอัตราส่วนที่มากกว่าดาวหางเก่า

นักดาราศาสตร์เคยประมาณว่านิวเคลียสของดาวหางดวงนี้มีเส้นผ่านศูนย์กลาง 2 กิโลเมตร แต่อัตราการคายไอน้ำที่ต่ำนี้ ทำให้นักดาราศาสตร์เชื่อว่าขนาดจริง ๆ คงจะเล็กกว่านั้นมาก ไม่เกิน 200 หรือ 300 เมตรเท่านั้น

ถึงแม้ลิเนียร์อาจทำให้นักดูดาวส่วนใหญ่ต้องผิดหวัง แต่สำหรับนักดาราศาสตร์แล้ว พฤติกรรมที่แปลกประหลาดของมันทำให้นักดาราศาสตร์ได้เข้าใจถึงธรรมชาติของดาวหางได้ดียิ่งขึ้น